Université de Bordeaux : laboratoire Environnements et PaléoEnvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC) et Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux (CGFB)
Laboratoire Environnements et PaléoEnvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC)
L’UMR EPOC est une unité mixte de recherche (UMR 5805) de l’Université de Bordeaux et du CNRS qui s’intéresse à l’étude des environnements et paléo-environnements aquatiques océaniques et continentaux.
Elle est structurée en trois thématiques principales, l’Ecotoxicologie et la Chimie de l’environnement, l’Océanographie côtière, et les Géosciences marines.
Les personnels de l’UMR EPOC ont participé aux expérimentations et prélèvements sur le terrain et aux analyses destinées à qualifier la contamination des habitats, l’imprégnation chimique et les réponses biologiques adaptatives et/ou délétères de l’esturgeon européen en conditions de stress et à différents stades de développement.
Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux (CGFB)
Le Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux est porté par l’Université de Bordeaux en partenariat avec Bordeaux INP, le CNRS, l’INSERM, l’INRA, le CHU et l’Institut Bergonié.
Le CGFB rassemble sept plateformes scientifiques et technologiques destinées à l’étude du vivant à l’échelle cellulaire et moléculaire.
Le CGFB a participé au projet SturTop au travers de 3 de ses plateformes : la plateforme Génome Transcriptome (séquençage du génome de l’esturgeon par la technologie RNASeq), le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (assemblage du génome et annotation fonctionnelle), et la plateforme Protéome (expérience de protéomique quantitative non ciblée par la technologie Label Free).
INRAE, Unité de Recherche Ecosystèmes Aquatiques et Changements Globaux (EABX)
L’équipe poissons migrateurs amphihalins de l’Unité EABX est spécialisée dans l’écologie, la dynamique des populations et la biologie de la conservation des poissons migrateurs amphihalins.
Ces thématiques sont abordées en utilisant des approches expérimentales et de modélisation.
Les agents de l’Unité EABX ont mis en place et suivi les expérimentations sur les stades embryo-larvaires (température, oxygène, contaminants) et juvéniles (contaminants) à la station expérimentale de St Seurin/Isle, organisés et assurés les prélèvements et les suivis en milieu naturel (sites de frayère et estuaire) et une première approche par modélisation des effets multi-stress sur la dynamique de la population d’esturgeon européen.
Université de La Rochelle, LIttoral ENvironnement et Sociétés (UMRi LIENS 7266)
Le centre de recherche LIENSs (UMRi 7266, LIttoral ENvironnement et Sociétés) est une unité mixte de recherche de l’Université de La Rochelle/CNRS dépendante de 3 instituts du CNRS (INEE, INSU, INSHS).
C’est un laboratoire multidisciplinaire, qui a pour objectif une meilleure compréhension du fonctionnement des écosystèmes côtiers sous pressions anthropiques.
LIENSs a développé des approches écophysiologiques dans le cadre du projet SturTOP.
Les capacités de locomotion et les dépenses métaboliques aérobies ont été déterminées chez les esturgeons européens testés en respiromètres de nage.
Ils ont également été soumis à des challenges thermiques afin d’évaluer leur tolérance à la température.
ONIRIS, UMR PAnTher (UMR703)
APEX est une cellule d’expertise en histopathologie vétérinaire affiliée à l’UMR703 PanTher INRA/Oniris.
Cette cellule est ouverte aux équipes de recherche pour la mise au point de méthodes et la réalisation de travaux de phénotypage tissulaire animal.
Elle réunit de manière originale des anatomo-pathologistes vétérinaires titulaires du diplôme européen de la spécialité (ECVP) et d’ingénieurs en bio-imagerie en fluorescence.
APEX intervient dans les champs scientifiques suivants :
- la validation de nouveaux modèles animaux,
- la caractérisation physiopathogénique d’agents pathogènes,
- l’évaluation préclinique de l’efficacité et de l’innocuité de produits thérapeutiques,
- l’évaluation de la toxicité de contaminants environnementaux sur des espèces animales cibles (esturgeon, abeille) ou modèles (poisson-zèbre).
APEX a réalisé toutes les analyses histopathologies sur larves et juvéniles d’esturgeon européen prévues dans le cadre du projet SturTOP.
Les activités d’APEX sont certifiées selon la norme ISO9001:2008.
CNRS – ECOLAB
Le Laboratoire écologie fonctionnelle et environnement (Ecolab) est une unité sous tutelle du CNRS, de l’Université Paul Sabatier et de l’Institut National Polytechnique de Toulouse.
C’est un Laboratoire multi-disciplinaire dont les thématiques de recherche s’inscrivent dans le cadre de l’étude combinée du fonctionnement des communautés et des écosystèmes et de leurs interrelations à différentes échelles spatio-temporelles.
L’équipe Ecotoxicologie Intégrative (ECI) a pour objectif de comprendre l’impact des contaminants chimiques d’origine anthropique sur les assemblages biologiques, dans un contexte de réalisme écologique, en considérant notamment les interactions des contaminants entre eux et avec d’autres facteurs de stress.
Dans le cadre du programme STURTOP, les membres de l’équipe ECI ont participé aux expérimentations et prélèvements de terrain.
Des mesures d’anomalies chromosomiques par le test des micronoyaux ont été réalisées sur des juvéniles d’esturgeon pêchés en estuaire ou exposés au Laboratoire.
INRA-CNRS UMR LEHNA
L’UMR LEHNA 5023 est une unité sous tutelle du CNRS, de l’Université Lyon I et de l’ENTPE, et sous contrat avec l’INRA via l’USC 1369 qui est le partenaire direct dans ce projet.
L’USC 1369 est historiquement impliquée dans l’évaluation de l’impact des activités anthropiques sur les écosystèmes d’eau douce et estuarien.
Elle s’intéresse plus particulièrement aux impacts sur le génome effets des organismes aquatiques.